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本系為系務發展之進行,依據東南科技大學組織規程、東南科技大學各(學)系組織準則及本系系務會議組織辦法第三條之規定,設置「課程與教學組」、「學生輔導與師生活動組」、「圖書儀器設備組」、「產學合作與推廣教育組」、「研究發展組」與「學生學習成效發展組」、「校友聯絡組」。各組並置召集人一人,由各組推舉專任教師擔任之。專任教師(含專任研究人員)除系主任外,皆應選擇至少兩組以上加入,各小組成員任期一年,並配合推動相關業務。各小組委員由若干教職員組成,於系務會議中進行選舉,召集人由委員互推,每一學年度改選。系務會議得視任務之需求增加各功能小組以利系務運作。而教學、研究、服務及輔導為教師從事教育工作的四大課題,藉由在小組的服務工作,讓教育的目標得以執行,系務工作得順利推動。在「東南科技大學教師評鑑辦法」有明確的規定。系務發展相關委員會組織架構如圖所示。除此之外,本系並設有學生會及畢業系友會,結合師生力量進行整體系務之推動。